Ewolucjoniści nie potrafią wskazać żadnych skamieniałości form przejściowych – na przykład istoty będącej pół gadem, pół ptakiem
W rzeczywistości paleontolodzy dysponują wieloma przykładami skamieniałości o budowie pośredniej między rozmaitymi grupami systematycznymi. Jedną z najsłynniejszych jest praptak (Archaeopteryx), który prezentuje mozaikę cech anatomicznych ptaków i dinozaurów. Odkryto też innych jego upierzonych, bardziej lub mniej ptasich, wymarłych krewniaków. Ewolucję współczesnych koni można prześledzić w zapisie kopalnym, poczynając od maleńkiego Hyracotherium (Eohippus).
Walenie miały lądowych przodków, a ogniwa pośrednie obejmują takie formy, jak Ambulocetus i Rodhocetus.
Skamieniałe muszle pozwalają prześledzić trwającą miliony lat ewolucję różnych mięczaków. Znamy formy kopalne hominidów będących ogniwami pośrednimi między nami a naszymi małpoludzkimi przodkami, takimi jak australopitek Lucy.

Kreacjoniści ignorują zapis kopalny
Tymczasem kreacjoniści ignorują zapis kopalny. Twierdzą, że archeopteryks nie jest brakującym ogniwem między gadami a ptakami, lecz jedynie wymarłym ptakiem o pewnych gadzich cechach. Żądają od ewolucjonistów przedłożenia jakiejś dziwacznej chimery – stwora nie dającego się zaliczyć do żadnej znanej jednostki taksonomicznej.
Nawet jeśli kreacjonista przyzna, że dana skamieniałość ma cechy pośrednie między dwiema grupami, będzie się domagać przedstawienia dalszych skamieniałości przejściowych, tym razem między ogniwem pośrednim a jedną z grup. Może takie irytujące żądania powtarzać w nieskończoność, stawiając wygórowane oczekiwania w odniesieniu do niekompletnego z oczywistych przyczyn zapisu kopalnego.
Zegar molekularny
Ewolucjoniści mogą się jednak powołać na niezależne dowody dostarczone przez biologię molekularną. Wszystkie organizmy mają wiele wspólnych genów, ale zgodnie z modelem ewolucyjnym budowa tych genów i kodowanych przez nie produktów powinna się różnić w przypadku różnych gatunków w stopniu odpowiadającym ich pokrewieństwu ewolucyjnemu. Genetycy mówią o „zegarze molekularnym”, który tyka, odkąd rozeszły się drogi przodków tych gatunków. Te molekularne dane wskazują na stopnie pokrewieństwa różnych organizmów na przestrzeni dziejów.